Secolul al XIV-lea finaliză evoluţia cnezatelor şi voievodatelor româneşti cu închegarea voievodatului Transilvaniei şi a statelor medievale: Ţara Românească, Moldova şi Dobrogea.

Dezvoltarea formaţiunii politice a jupânului Dimitrie (943), coroborată cu contribuţia economică şi comercială a spaţiului dobrogean vor contribui la cristalizarea statală a zonei, în jurul “ţării Cavernei”. Aceasta devine un important factor în Balcani şi ajunge la o tot mai evidentă autonomie în sec. al XIV-lea, căci pe la 1346 în fruntea statului dobrogean este amintit BALICA, apoi DOBROTICI, care din vasal al Bizanţului devine mai târziu autonom faţă de acesta, iar sub IVANCO, statul dobrogean capătă atribute suverane.

În contextul pericolului otoman – care viza transformarea Dobrogei în paşalâc – acesta revine în componenţa Ţării Româneşti în timpul lui Mircea cel Bătrân (1386-1418). Şi chiar dacă este vorba de o stăpânire de scurtă durată, ea este efectivă, Dobrogea şi Silistra figurând în titlul său încă de la începutul domniei. Iată cum sună hrisovul din 1387 dat Mănăstirii Cozia:

“Eu cel întru Hristos Dumnezeu binecredinciosul binecinstitorul şi de Hristos Iubitorul şi singur stăpânitorul, Io Mircea mare voievod şi domn, cu mila lui Dumnezeu şi cu darul lui Dumnezeu stăpânind şi domnind toată ţara Ungrovlahiei şi părţile de peste munţi, încă şi spre părţile tătăreşti şi ale Amlaşului şi Făgăraşului herţeg şi Banatului de la Severin domn, şi de amândouă părţile de peste toată Dunărea până la Marea cea mare şi cetăţii Dârstorului stăpânitor”.

Timp de trei decenii domnitorul român va opune rezistenţă asaltului musulman, fie sub forma participării la coaliţii antiotomane, creştine – cu victorii şi înfrângeri de ambele părţi -, fie întărind sistemul de cetăţi de la Dunăre şi închegând un puternic front românesc.

Dar prezenţa otomană tot mai evidentă în Balcani va supune în 1393 şi statul bulgar. După invazia mongolilor (1402), urmează zece ani de lupte pentru tronul Imperiului Otoman între fiii lui Baiazid. Cum pretendentul sprijinit de Mircea avea să fie înlocuit prin înscăunarea lui Mahomed (1413), iar foştii aliaţi unguri, polonezi – căutau încheierea de tratative cu acesta, Mircea se vede nevoit să încheie un tratat de pace, prin care se obliga la plata unui tribut anual Porţii. În schimbul acestuia sultanul recunoştea suveranitatea statului românesc cu domn şi viaţă socio-economică şi religioasă proprii.

Însă poziţia geografică a Dobrogei, care deschidea drum spre noi achiziţii în Caucaz, constituia însă pentru musulmanii lui Mahomed un argument pentru cucerirea ei, urmărindu-se prin aceasta şi dărâmarea bastionului creştin din zonă.

Ca urmare a expediţiei din 1417 a sultanului Mahomed I împotriva lui Mircea cel Bătrân, Dobrogea – provincie românească – va intra pentru mai bine de patru secole sub stăpânire otomană. După cruciada din 1444, în Dobrogea s-a făcut o colonizare masivă – cu turci şi tătari – mai ales în interior, populaţia fiind împinsă spre Dunăre şi spre Marea Neagră .

Pentru teritoriile româneşti ajunse vremelnic sub dominaţie otomană “au existat două eparhii puse sub jurisdicţia Patriarhiei Ecumenice de Constantinopol: Mitropolia Proilaviei, în teritoriile care făceau parte din raialele Brăila şi Tighina şi Mitropolia Dristrei pentru credincioşii din Dobrogea”. Aceasta din urmă este menţinută de turci căci, pe la 1438-1439 titularul ei, Calist, participa la Sinodul Unionist de la Ferara-Florenţa.

Ulterior, pe la mijlocul sec. al XVI-lea, credincioşii din nordul Dobrogei – raialele Brăila şi Tighina intră în dependenţa Mitropoliei Proilaviei (gr. Prailabon; proilabon, turc. Ibraila) recent înfiinţată. Şi cu toate că titularii celor două mitropolii erau greci, “marea masă a credincioşilor o constituiau românii autohtoni, la care se adăugau puţini bulgari, greci şi ruşi, aşezaţi aici în cursul stăpânirii otomane”.

Prezenţa (continuitatea) Bisericii Ortodoxe sub ocupaţie otomană reflectă nu numai lupta pentru păstrarea propriei credinţe, ci şi a fiinţei naţionale. Aceasta s-a menţinut prin puternicele legături cu fraţii români din stânga Dunării, mai ales din Valahia, iar prin stabilirea în Dobrogea a mocanilor (ciobani din Sibiu, Braşov) la sfârşitul sec. al XVIII-lea – începutul sec. al XIX-lea, ca şi a românilor din Muntenia, Moldova, etc. se întăreşte elementul românesc ortodox. Chiar dacă relaţiile politice au fost prin forţa împrejurărilor – întrerupte sau sporadice, accidentale – cele bisericeşti şi culturale se menţin. Chiar supravieţuirea Mitropoliei de Silistra (Dârstor) se datorează ajutoarelor oferite de domnii Ţării Româneşti, titularii eparhiei fiind întâlniţi adeseori la Bucureşti participând la instalarea unor episcopi sau reprezentându-l pe Patriarhul de Constantinopol.

În multe sate dobrogene vor activa preoţi transilvăneni care prin darurile făcute vor avea un aport deosebit la înfiinţarea şcolilor în Dobrogea. Situaţia materială a preoţilor dobrogeni în perioada de stăpânire turcească este foarte grea, fiind chiar nevoiţi să muncească alături de păstoriţii lor. La hirotonire făceau un contract cu statul (parohia), fixând taxele pentru diferite slujbe. Cât priveşte pregătirea teologică, ei aveau numai cunoştinţe elementare de scris şi citit.

Iată situaţia lăcaşurilor de cult: acestea “erau ridicate numai cu învoirea specială din partea autorităţilor turceşti, credincioşii fiind nevoiţi să plătească o anumită taxă”. Se impuneau însă anumite restricţii: fără turle, fără clopote. Aşa se face că până la 1878 s-au construit foarte puţine biserici din zid. Cărţile de slujbă folosite erau tipărite în Ţara Românească, dar numărul lor a scăzut în urma războaielor care au afectat şi pământul dobrogean.

Spre sfârşitul sec. al XVIII-lea scaunul mitropolitan de Silistra a rămas vacant pentru o perioadă de timp.

În urma războiului ruso-turc (1806-1812) şi Pacea de la Bucureşti (16 mai 1812), ţinutul dintre Prut şi Nistru intră în componenţa Rusiei, raialele turceşti de aici fiind desfiinţate.

În aprilie 1813, cu ocazia alegerii noului Mitropolit de Proilavia, Calinic, această mitropolie este alipită celei de Silistra, creându-se astfel, printr-un act al Patriarhiei de Constantinopol, o singură eparhie – incluzând şi teritoriul Dobrogei cu reşedinţa la Brăila. Dar în urma unui nou conflict ruso-turc, încheiat prin Pacea de la Adrianopol (1829), raialele Brăila, Giurgiu şi Turnu revin Ţării Româneşti. În aceste condiţii Mitropolia Proilaviei îşi încetează existenţa, iar pentru părţile din nordul Dobrogei se creează o nouă episcopie ortodoxă ridicată la rang de Arhiepiscopie cu sediul la Tulcea. 

În timpul stăpânirii otomane nu erau recunoscute comunităţile naţionale, ci numai cele religioase. Reprezentanţii creştinilor în relaţie cu autorităţile otomane erau şefii Bisericii, episcopi şi mitropoliţi care, până spre sfârşitul acestei stăpâniri, erau toţi greci; şi nu puţine au fost cazurile când au săvârşit mari abuzuri, comise faţă de preoţii supuşi (majoritatea români). De aici necesitatea ca “şi românii din Dobrogea să aibă un român în fruntea cultului lor religios”, căci cine nu avea un şef religios, nu avea nici protector. Însă un şef religios ales din partea românilor – dublat de un eventual conducător politic şi administrativ tot român – nu convenea autorităţilor musulmane, fiind un pas important spre lupta de eliberare naţională.

Pe 28 aprilie 1870, în urma unui conflict greco-român, 1500 de familii româneşti din Silistra hotărăsc unirea cu Exarhatul bulgar care deja se formase. Majoritatea populaţiei româneşti va rămâne în continuare sub jurisdicţia Patriarhiei Ecumenice însă menţinerea vechilor relaţii de subordonare faţă de Patriarhia Ecumenică, prin intermediul eparhiilor conduse de prelaţi greci nu mai era posibilă. Ea acceptă jurisdicţia Patriarhiei de Constantinopol cu condiţia trimiterii “unui episcop român pe tot lungul Dunării”, cum reiese dintr-un raport al reprezentantului României la Tulcea (din l iulie 1874).

Această iniţiativă (prezentată şi Porţii în anul următor) va primi avizul sinodului Patriarhal din Constantinopol şi al Patriarhului Ecumenic, la 17 octombrie 1874 pentru crearea unei noi episcopii româneşti cu reşedinţa la Măcin, dar mişcările de eliberare naţională izbucnite în 1875 şi războiul ruso-româno-turc (1877-1878) au împiedicat concretizarea acestei hotărâri.